Yayasan Pendidikan Islam (YAPIS) telah berkiprah di tanah Animha Merauke sejak tahun 1967 dengan tujuan untuk membantu dan sebagai mitra pemerintah dalam pengembangan dan pembangunan pendidikan guna peningkatan kualitas sumberdaya manusia Papua pada umumnya dan Sumber Daya Manusia di Tanah Animha Merauke khususnya, sesuai dengan amanat pembukaan UUD 1945. Dengan prinsip “ Ilmu Amaliah dan Amal Ilmiah ”.
Alhamdulillah saat ini persekolahan yang dibina oleh Yayasan Pendidikan Islam (YAPIS) Kabupaten Merauke telah berkembang sejalan dengan tuntutan dan kebutuhan masyarakat akan pendidikan formal, mulai dari tingkat TK sampai dengan Perguruan Tinggi. Dan hingga saat ini telah memiliki dan membina persekolahan/pendidikan yakni: 3 TK, 2 SD, 1 SLTP, dan Perguruan Tinggi yakni Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) YAPIS Merauke dengan membina Progran Studi Ekonomi Pembangunan (S1) dan Program Studi Keuangan dan Perbankan (D3).
Berkat rahmat dan izin Allah SWT Tuhan Yang Maha Esa pada tahun 2013 Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Yapis Merauke yang diselenggarakan Yapis Cabang Merauke, telah mendapatkan Izin Penyelenggaraan dari Pemerintah dengan Keputusan Mendikbud Nomor 474/E/O/2013 tanggal 01 Oktober 2013, dengan membina 2 Program Studi yaitu : Ekonomi Pembangunan, Keuangan dan Perbankan dengan status Terakreditasi. Program Diploma Tiga (D-III) Keuangan dan Perbankan, Alhamdulillah telah Reakreditasi pada tahun 2017 sesuai SK BAN-PT Nomor : 4567/SK/BAN-PT/Akred/Dipl-III/XII/2017 dan sampai saat ini telah membuka angkatan XII tahun ajaran 2018/2019. Program Sarjana (S1) Studi Pembangunan telah membuka angkatan IV tahun ajaran 2018/2019. InsyaAllah Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) akan merencanakan membuka prodi baru yaitu prodi Manajemen jenjang Strata Satu (S1) pada tahun 2019-2020.
Dengan kehadiran Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Yapis Merauke di kota Merauke diharapkan dapat memenuhi kebutuhan dan menjadi pilihan lulusan SMU, SMK (sederajat), ASN, Karyawan BUMN dan BUMD di Kabupaten Merauke, Boven Digoel, Mappi dan Asmat sebagai tempat melanjutkan pendidikan tinggi yang dapat membangun sumber daya manusia profesional di bidang Ekonomi Pembangunan, Keuangan dan Perbankan sebagai mitra pemerintah dalam membangun SDM di Papua , khususnya di Selatan Tanah Papua.
Alhamdulillah, pada tanggal 14 Januari 2017 Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Yapis Merauke telah meluluskan Sarjana (S1) Ekonomi dan Ahli Madya (D3) Angkatan Pertama program studi Ekonomi Pembangunan dan Program Studi Keuangan dan Perbankan angkatan pertama sebanyak 85 orang.